МОБАЛ разполага с 17 стационарни отделения, разположени в базата на ул. Ниш №1 с новооткрият корпус към стационара, а Отделенито по физиотерапия и рехабилитаци се намира на ул. Бузлуджа №1 (Стара болница). Първо вътрешно отделение отделение по кардиология Гастроентерологично отделение отделение за диализно лечение Урологично отделение Хирургично отделение отделение по съдова хирургия Неврохирургичнио отделение Ортопедично отделение Отделение по педиатрия Отделение по неонатология Акушеро-гинекологично отделение Неврологично отделение Офталмологично отделение ОФТР Отделение по инфекциозни болести ОАИЛ
